Chùa Nhất Trụ cùng với chùa Am Tiên, chùa Kim Ngân, chùa Cổ Am, chùa Duyên Ninh là những chùa cổ thời Đinh - Lê nằm trong khuôn viên kinh thành Hoa Lư còn tồn tại đến ngày nay. Trong số đó, chùa Nhất Trụ nằm ở vị trí trung tâm thành Đông, là di tích quan trọng nhất. Chùa là nơi tu hành và họp bàn việc nước của các nhà sư thế kỷ 10 như Pháp Thuận, Khuông Việt và Vạn Hạnh.

Nhất Trụ tự nằm cạnh đình Yên Thành, rất gần đền thờ Công chúa Phất Kim và đền vua Lê Đại Hành. Những di tích này đều thuộc làng cổ Yên Thành, xã Trường Yên, Ninh Bình. Chùa được xây dựng theo kiểu chữ "đinh" (丁), hướng chính Tây, gồm có cột kinh Lăng Nghiêm, chính điện, nhà tổ, phòng khách, nhà ăn, và các tháp.